La importante y meritoria labor que Ocón lleva a cabo tiene justos y merecidos reconocimientos. En 1879 se le nombra académico correspondiente de la Real Academia de San Fernando. Al igual que en 1869 se le nombra en París Caballero de la Orden de Isabel la Católica y en 1878 Alfonso XII le otorga la Encomienda de Isabel la Católica.
Con motivo del devastador terremoto sufrido en la Navidad de 1884, el Rey Alfonso XII visita Málaga. Se programan muchos actos en honor del monarca pintores malagueños exponen sus obras entre los que están Emilio Ocón y ofrecen un concierto donde interpretan la Cantata de Ocón compuesta en 1857 Obra que fue compuesta para festejar su nacimiento.
La brillante gestión que lleva a cabo como director de la Filarmónica y del Conservatorio se ve también premiada al ser nombrado en 1888 Socio de Honor. Asimismo, la Sociedad de Conciertos de Madrid, con la que Ocón sostenía unas amplias relaciones, le otorga en 1893 el título de Socio Honorario. Esta modélica entidad musical reconoce así sus méritos como compositor, pero lo más importante es que, con frecuencia, se programan obras del insigne músico malagueño.
En 1890, el Conservatorio de Málaga se incorpora a la Escuela Nacional de Música y Declamación de Madrid (nombre que por aquella época y por razones políticas tenía el Real Conservatorio de la capital de España).
La Dirección General de Instrucción Pública, tras constatar que en Málaga se imparten los planes de estudios vigentes en Madrid, concede dicha incorporación con fecha 11 de marzo de 1894. Desde ese día, todos los estudios que se realizarán en el Conservatorio "Maria Cristina" de Málaga tienen carácter oficial.
A partir de 1893 Ocón obtiene permiso para instalarse en la torre de la Catedral. Según Bolea y Sintas refiriéndose a los dos magníficos órganos "Ocón apenas cumplió los sesenta años, solicitó y obtuvo del excelentísimo Cabildo le cediera una habitación en la torre de la Catedral para acabar los días de su vida oyendo los dulces acordes que hicieron de él un artista".
Ya en el S.XX El día 28 de febrero de 1901, a las cinco de la tarde, muere Eduardo Ocón, víctima de una pulmonía gripal. El entierro tiene lugar en el Cementerio de San Miguel al día siguiente y constituye una sentida manifestación de duelo en toda Málaga.
A pesar de los inestimables servicios que Ocón presta a la ciudad y de la indudable valía de sus obras, el olvido de este importante organista, investigador, compositor y docente se produce muy rápidamente.
El 14 de Octubre de 1917, la Sociedad Filarmónica organiza un acto en su memoria. Donde se lee un emotivo discurso que , titulado Elogio de Don Eduardo Ocón, edita la mencionada Sociedad.
El Conservatorio tarda mucho en reaccionar siendo como fue este centro la mejor obra de Ocón. El acto se lleva a cabo el 27 de enero de 1934 y se pretende entre otras actuaciones, publicar todas las partituras de Ocón, colocar un busto suyo en el parque de Málaga, celebrar un concierto en el que se interpreten obras suyas. De todo ello, solo se llevó a cabo el concierto.
La obra que perduró más en los atriles fue su Miserere, que continuó interpretándose en Semana santa, pero también fue olvidándose poco a poco. La tradición de hacerlo oír en esas fechas fue rescatada por la antigua Orquesta Sinfónica de Málaga, agrupación que, junto a la Coral Santa María de la Victoria, realizó la primera grabación de esta obra, sin duda la más ambiciosa de las que escribió para la iglesia.
En 1980, con ocasión del centenario de la fundación del Conservatorio malagueño, se descubre en este centro una lápida conmemorativa en honor del que fue su primer director. Antonio Martín Moreno revisa el Andante de la Primera Sinfonía de Ocón y logra que lo interprete la Orquesta Nacional de España. Pocos meses después, la pianista Gloria Emparán, que en aquellas fechas era también profesora del centro, graba la integral de la obra para piano del músico malagueño. En 1981, esta grabación es distinguida con el Premio nacional al Disco, que otorga el Ministerio de Cultura.

(Todos estos datos han sido extraidos de la publicación: "Eduardo Ocón. El nacionalismo musical" de Gonzalo Martín Tenllado. Ediciones Seyer.)